<div dir="ltr">I'm reading the compara database scheme webpage (<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_schema.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_schema.html</a>), and noticed the three most intersting functions (to me) are missing.<div>
<br></div><div style>where is the documentation for the following</div><div style><ul style="margin:0.5em 0px 1.25em;line-height:16px;padding-left:2em;color:rgb(85,85,85);font-family:'Luxi Sans',Helvetica,Arial,Geneva,sans-serif;font-size:12.800000190734863px">
<li style="font-size:1em;margin:8px 0px;padding:0px"><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_schema.html#species_tree_node" style="color:rgb(0,0,102)">species_tree_node</a></li><li style="font-size:1em;margin:8px 0px;padding:0px">
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_schema.html#species_tree_node_tag" style="color:rgb(0,0,102)">species_tree_node_tag</a></li><li style="font-size:1em;margin:8px 0px;padding:0px"><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/compara/compara_schema.html#species_tree_root" style="color:rgb(0,0,102)">species_tree_roo</a>t</li>
</ul><div><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px"><br></span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">My goal is the following:</span></font></div>
<div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px"><br></span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">1) Grab the phylgentic trees already generated by ensemble (for specific Gene ID)</span></font></div>
<div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">     a) Newicks</span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">     b) Sequences by species</span></font></div>
<div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">2) Grab the DN/DS for various branch points from Pig to Human</span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px"><br>
</span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">If I need to I will grab the gene ID for each species and then determine the proper nucleotide sequence and grab those, using the newick calculate Dn/DS using PAML to get descendant predicted LCA sequences.</span></font></div>
<div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px"><br></span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">Is there a better way to do this than I have outlined?</span></font></div>
<div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px"><br></span></font></div><div style><font color="#555555" face="Luxi Sans, Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="line-height:16px">Joe</span></font></div>
</div></div>