<div dir="ltr">Hi All<div><br></div><div>I've updated EnsemblGenomes to v17, however, I suffered some problems that caused by new perl environment.</div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div>/usr/bin/perl /usr/local/share/perl/5.10.1/ExtUtils/xsubpp  -typemap "/usr/share/perl/5.10/ExtUtils/typemap"   bam_c184.xs > bam_c184.xsc && mv bam_c184.xsc bam_c184.c</div>
<div>cc -c  -I"/usr/local/ensembl_bacteria/conf" -I/usr/local/ensembl_bacteria/samtools -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -DDEBIAN -fno-strict-aliasing -pipe -fstack-protector -I/usr/local/include -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -O2 -g   -DVERSION=\"0.00\" -DXS_VERSION=\"0.00\" -fPIC "-I/usr/lib/perl/5.10/CORE"   bam_c184.c</div>
<div>bam_c184.xs:6:17: error: bam.h: No such file or directory</div><div>bam_c184.xs: In function ?.re_filter_depth?.</div><div>bam_c184.xs:34: error: ?.am1_t?.undeclared (first use in this function)</div><div>bam_c184.xs:34: error: (Each undeclared identifier is reported only once</div>
<div>bam_c184.xs:34: error: for each function it appears in.)</div><div>bam_c184.xs:34: error: ?.?.undeclared (first use in this function)</div><div>bam_c184.xs:46: error: expected expression before ?.?.token</div><div>make: *** [bam_c184.o] Error 1</div>
<div><br></div><div>A problem was encountered while attempting to compile and install your Inline</div><div>C code. The command that failed was:</div><div>  make > out.make 2>&1</div><div><br></div><div>The build directory was:</div>
<div>/usr/local/ensembl_bacteria/cbuild/build/Bio/EnsEMBL/GlyphSet/bam_c184</div><div><br></div><div>To debug the problem, cd to the build directory, and inspect the output files.</div><div><br></div><div> at /usr/local/ensembl_bacteria/ensembl-draw/modules/Bio/EnsEMBL/GlyphSet/<a href="http://bam.pm">bam.pm</a> line 388.</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>...propagated at /usr/local/share/perl/5.10.1/Inline/C.pm line 772.</div><div>BEGIN failed--compilation aborted at /usr/local/ensembl_bacteria/ensembl-draw/modules/Bio/EnsEMBL/GlyphSet/<a href="http://bam.pm">bam.pm</a> line 487.</div>
<div>Compilation failed in require at (eval 274) line 1.</div><div>Using a hash as a reference is deprecated at /usr/local/ensembl_bacteria/eg-plugins/bacteria/modules/EnsEMBL/Web/Document/HTML/FTPtable.pm line 55.</div></div>
<div><br></div><div style>What is the problem? need some help, thanks.</div><div><br></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="1">---Gang Chen</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="1">TILSI</font></div>
<div><font face="verdana, sans-serif" size="1"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Taicang Institute For Life Science Information</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Address: A2/162, Renmin South Road, Taicang, 215400, Jiangsu Province, P.R.China</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255)">Phone:£¨+86£©512-82782588</span></font></div>
</div></div>