<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Thanks for the bug report.</div><div><br></div><div>I've put a fix for this into the CVS server - you'll need to update your ensembl-variation module.</div><div><br></div><div style>
Regards</div><div style><br></div><div style>Will McLaren</div><div style>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 19 February 2013 16:09,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:kook.dev@free.fr" target="_blank">kook.dev@free.fr</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I tried <a href="http://variant_effet_predictor.pl" target="_blank">variant_effet_predictor.pl</a> (downloaded from CVS) on some VCF file that come from 1000 Genome project.<br>
<br>
Here is my command line :<br>
perl <a href="http://variant_effet_predictor.pl" target="_blank">variant_effet_predictor.pl</a> -i bug.vcf --filter no_coding --format vcf<br>
<br>
where bug.vcf contains<br>
<br>
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO<br>
22      16942585        esv2678061      C       <DEL>   .       PASS    AC=21;AF=0.01;AFR_AF=0.02;AN=2184;ASN_AF=0.01;AVGPOST=0.9870;CIEND=-65,88;CIPOS=-76,81;END=16945887;ERATE=0.0010;EUR_AF=0.01;LDAF=0.0129;RSQ=0.6112;SVTYPE=DEL;THETA=0.0026;VT=SV<br>

<br>
program ends with :<br>
2013-02-19 16:46:10 - Calculating consequences<br>
Can't locate object method "consequence_type" via package "Bio::EnsEMBL::Variation:tructuralVariationFeature" at /PROGS/lib/ensembl-variation/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1947, <GEN0> line 2.<br>

<br>
Everything is ok if I do not use the --filter option.<br>
<br>
regards,<br>
Sébastien Letort - bio-informaticien<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>