<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<br><br>I'm just starting out learning the ENSEMBL API.  I've written a simple script to fetch the human chromosomes and print out a count of the genes for each one.  I am not a human-genome expert, so the answer to my question may very well be due to nuances in the human genome.<br><br>Quite simply, I do:<br><br>my $slice_adaptor = $registry->get_adaptor( 'Human', 'Core', 'Slice' );<br>my $slices = $slice_adaptor->fetch_all('chromosome');<br><br>and then iterate over the list of slices, printing out some details about each.<br><br>Chr Y behaves differently than the rest of the human chromosomes.  All other chromosomes (1..22, X, MT) go from 1-max_length.  But, it seems that there are two chrY toplevel elements retrieved, neither of which extends the complete length from 1..59,373,566.  They only span 1..10,000 and 2,649,521..59,034,049, completely skipping over the range 10,000..2,649,52.  It also seems that chrY is the only chromosome that is split into two toplevel features.<br><br>Does anyone know why this is?  Am I missing something very simple here?<br><br>Here the output from my script for ChrY:<br><br>Fetching genes for Y...Properties for this chromosome<br> ID: chromosome:GRCh37:Y:1:10000:1<br> Length: 59373566<br> Build: 27507<br> Coords: 1..10000<br>found 0 genes.<br>Fetching genes for Y...Properties for this chromosome<br> ID: chromosome:GRCh37:Y:2649521:59034049:1<br> Length: 59373566<br> Build: 27507<br> Coords: 2649521..59034049<br>found 501 genes.<br><br><br>Thanks for any help you can provide.<br><br>Nicole<br><br><br>Nicole Washington<br>Research Scientist<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Genomics Division<br>1 Cyclotron Rd. MS64-121<br>Berkeley, CA 94720<br>510-486-6836<br><a href="mailto:NLWashington@lbl.gov">NLWashington@lbl.gov</a><br></body></html>