<div dir="ltr"><div style>Hi,</div><div style><br></div><div style>I've got a problem with the Ensembl BLAST databases and probably it's something misconfigured.</div><div style>Eg. For Ensembl protists I downloaded all the fasta files in /usr/local/blastdb/ensembl_protists and added the following line in the SiteDefs.pm file:<br>

</div><div style><p class=""><font face="courier new, monospace">$SiteDefs::ENSEMBL_BLAST_DATA_PATH =
'/usr/local/blastdb/ensembl_protists';</font></p><p class="" style>After that, I rebuilt the protists site and in the Blastview page all the databases are listed. However when I chose one and run Blast, it crashes and show the error below:</p>

<p class="" style></p><pre style="color:rgb(0,0,0);word-wrap:break-word;white-space:pre-wrap"><font size="1">
<font face="courier new, monospace">[blastall 2.2.26] WARNING: Unable to open Albugo_laibachii.ENA1.dna.toplevel.fa.nin
[blastall 2.2.26] WARNING: Unable to open Albugo_laibachii.ENA1.dna.toplevel.fa.nin
BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]</font></font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0);word-wrap:break-word;white-space:pre-wrap"><span style="font-size:x-small">  </span><span style="font-size:x-small;font-family:arial">....</span></pre>

<pre style="word-wrap:break-word"><div><font face="arial"><span style="white-space:normal">However this database exits, but with the name Albugo_laibachii.ENA1.</span></font><b style="font-family:arial;white-space:normal"><font color="#cc0000">70</font></b><font face="arial"><span style="white-space:normal">.dna.toplevel.fa.nin.</span></font></div>

<div style><span style="white-space:normal;font-family:arial">What should I do? I found a previous thread talking about this problem but nobdy answered it.  </span><br></div><div style><a href="http://lists.ensembl.org/ensembl-dev/msg05579.html">http://lists.ensembl.org/ensembl-dev/msg05579.html</a><br>

</div><div style><br></div><div style>Thank you and best regards,</div></pre><p></p></div><br clear="all"><div><font style="color:rgb(102,102,102)"><span style="font-family:tahoma,sans-serif">Rafa Hernández de Diego </span></font><br>

<div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><font color="#999999"><br>SLU-Global Bioinformatics </font><font color="#999999" face="arial, sans-serif">Center</font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">

<div><font color="#999999">Swedish University for Agricultural Sciences (SLU)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#999999"><span style="line-height:16.3125px;text-align:-webkit-center">Gerda Nilssons väg 2,  </span><br style="line-height:16.3125px;text-align:-webkit-center">

<span style="line-height:16.3125px;text-align:-webkit-center">Box 7023, 750 07 Uppsala, Sweden.</span></font></div></div></div></div>
</div>