<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">On Mon, Mar 4, 2013 at 5:50 AM, Magali <span dir="ltr"><<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank">mr6@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div id=":zl">As of release 71, we are also mapping refseq entries based on<br>
coordinates overlap.<br>
This means that for this particular case, NM_001258395.1 is also mapped<br>
to ENST00000410006.</div></blockquote></div><br>Do you mean that exact exon structures (i.e., exon start,end coordinates) will now be used to define equivalence of two transcripts? What does this portend for RefSeq transcripts pulled from otherfeatures?</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">We currently precompute the list of exon-equivalent <ENST,NM> transcript pairs for the purpose of filtering VEP effects that we can report on RefSeq transcripts (in otherfeatures). It sounds like we'll be able to get this equivalence from Ensembl directly with 71. Right?</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra" style>Thanks,</div><div class="gmail_extra" style>Reece</div></div>