<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>If I just enable the BLAST plugins, without any other change, blast crashes because of the sensitivity option inserted in the command. </div><div> blastall -d Plasmodium_falciparum.ASM276v1.17.dna.toplevel.fa -p blastn  -S NORMAL -b 250 -e 10 </div>


<div><br></div><div>If I edit the <span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">eg-plugins/blast/modules/</span><u style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"></u><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">EnsEM</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">BL/Web/BlastView/</span><u style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"></u><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">MetaDataBlast</span><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">.pm file removing the following lines:</span></div>


<div><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div><font face="courier new, monospace">  # set sensitivity parameter for EBI BLAST<br></font></div><div><div><font face="courier new, monospace">  eval{ $factory->option('-S', $sensitivity )};</font></div>


<div><font face="courier new, monospace">  if( $@ =~ /MSG:\s(.+)/ ){ warn($@) && return $1 }</font></div><div><font face="courier new, monospace">  if( $@ ){ warn($@) && return $@ }</font></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">


<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Then the generated blast command is:</div><div><font face="arial, sans-serif">blastall -d Plasmodium_falciparum.ASM276v1.17.dna.toplevel.fa -p blastn  -b 250 -e 10 </font><br>


</div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">And BLAST works, however other trouble appears: the parsing error. Ensembl shows the Results page with the following message: <i>System error; please resubmit job. </i></font><span style="font-family:arial,sans-serif"><i>If problem persists, file a report using the help link above </i>and the error log file contains the error message I attached previously.</span></div>


<span style="white-space:pre-wrap"><div style="font-family:arial,sans-serif"><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font><span style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">.</font><font face="courier new, monospace">...</font></span></font></div>


<font face="courier new, monospace">------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Parsing failed

-------------------- EXCEPTION --------------------
MSG: seq_region_name argument is required
STACK Bio::EnsEMBL::DBSQL::SliceAdaptor::fetch_by_region /usr/local/ensembl_protists/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/SliceAdaptor.pm:201
STACK Bio::Search::HSP::EnsemblHSP::_map /usr/local/ensembl_protists/eg-plugins/blast/modules/Bio/Search/HSP/EnsemblHSP.pm:435
STACK Bio::Search::Result::EnsemblResult::map_to_genome /usr/local/ensembl_protists/modules/Bio/Search/Result/EnsemblResult.pm:271
STACK Bio::Tools::Run::Search::parse /usr/local/ensembl_protists/modules/Bio/Tools/Run/Search.pm:1082</font></span><font face="courier new, monospace"> </font><div><span style="white-space:pre-wrap"><font face="courier new, monospace">....</font></span></div>


<div><span style="font-family:arial,sans-serif;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;white-space:pre-wrap">Following the error stack, I found that the </span><span style="font-family:arial,sans-serif;white-space:pre-wrap">eg-plugins/blast/modules/Bio/Search/HSP/EnsemblHSP.pm calls to a </span><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap"><i>fetch_by_region </i>function which expects a param called "</span></font><span style="font-family:arial,sans-serif;white-space:pre-wrap">seq_region_name</span><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">". </span></div>


<div><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">The value of this param is read at the start of the _map function in the following line ($hit_name):</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif"><br>


</span></div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">  my ($prefix, $hit_name) = split /\:/, $hit->seq_id, 2;</span><br></font></div><div><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif"><br>


</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">However this line doesn't work fine and no value are set, so after that the </span><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap"><i>fetch_by_region </i>calling will crash.</span></font></div>


<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap">This EnsemblHSP.pm file differs in few lines from the modules/Bio/Search/HSP/EnsemblHSP.pm and one of them is that line:</span></font></div><div>
<br></div><div><div><font face="courier new, monospace">  my $hit_name = $hit->seq_id;</font></div><div><br></div><div>Using this line instead the other fixes the parsing error.</div><div><br></div><div>
After that the BLAST finishes without errors but instead of the Results page, a blank page is showed  (however the URL changes to the BLAST job id ) but no error are thrown. I don't know what else can I try, but I think that the problem could be in the blast results parsing during the Results page generation, and in particular in some function rewritten in the eg-plugins/common that <span style="font-size:13px;white-space:nowrap;font-family:arial,sans-serif">interferes in this process: if I don't use the BLAST plugin, and repeat the same steps above, I fall in the same problem: the blank Results page... </span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap">Any idea? </span></div>

<div style><br></div></div></div><div style>Thank you</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><font style="color:rgb(102,102,102)"><span style="font-family:tahoma,sans-serif">Rafa Hernández de Diego </span></font><br>

<div><br></div></div></div></div>