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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I'm trying to import a VCF file into my local Ensembl variation database.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The version of the API I'm using is 70.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Here are the contents of my registry file:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">use Bio::EnsEMBL::Utils::ConfigRegistry;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use Bio::EnsEMBL::Variation::DBSQL::DBAdaptor;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">new Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor(<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -host => 'local_ensembl',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -user => 'test',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -pass => '123', <o:p>
</o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -port => '3306',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -species => 'Homo sapiens',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -group => 'variation',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -dbname => 'homo_sapiens_variation_70_37'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">my @aliases = ( 'H_Sapiens', 'human' );<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Bio::EnsEMBL::Utils::ConfigRegistry->add_alias(<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -species => 'Homo sapiens',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -alias => \@aliases<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The import_vcf .pl script is being run with the following command-line parameters:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">--input_file indel.final.vcf --registry registry.pl --source 'edgebio' --population 'test' --test 100<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The output is:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2013-03-05 15:54:33 - Session ID is 64494fac5e75b495bfb5907137f45cbf<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">2013-03-05 15:54:40 - Connected to database homo_sapiens_variation_70_37 on local_ensembl as user test<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ERROR: Could not get population adaptor<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Is there something I need to add to my Registry file so that the population adaptor can be found?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Phil<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>