I am extracting transcripts and missense SNP's from a list of accession numbers, but I am having trouble mapping the genome coordinates to the aa position in the transcript. Is their a smart way to extract the position of the aa mutation counting from the begining of the transcript, so i can locate exactly which aa's that are prone to mutations. It seems kind of cumbersome to identify positions through the genome coordinates.<div>
<br></div><div>This is a piece of my code where i right now am extracting the genome coordinates:</div><div><br></div><div><div>my @vfs = @{$vfa-> fetch_all_by_Slice_SO_terms($slice, ['missense_variant'])};</div>
<div>foreach my $vf (@vfs) {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $transcript_variations = $vf->get_all_TranscriptVariations;</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>if (defined $transcript_variations){</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">              </span>foreach my $tv (@{$transcript_variations}){</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                  </span>if (defined $tv->pep_allele_string) { # the AA change</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                              </span>print $tv->pep_allele_string."\t";</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>}</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">            </span>print $vf->seq_region_name, ":", $vf->start,"-",$vf->end."\n"; # print position in Ref in format </div>
</div><div>                }</div><div>        }</div><div>}</div><div>Thanks in advance</div><div><br></div><div>Jens</div>