<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi.<br></span></font></div><font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br>
My name is Andrés Lanzós and I am using the Ensembl API for the first time.<br>

</span></font></div><font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br>I want to map genes from primates in a genomic align. <br><br><font>First</font>, <font>I</font> <font>use</font> the method get_Mapper () to transform the coordinates f<font>rom each original sequence to <font>th</font>e alignment.</font></span></font><br>


<br><pre>$this_mapper = $genomic_align->get_Mapper();<br></pre><br></div>Then, I use the method list_pairs () to find the coordinates for each gene in the alignment.<br><br><pre>my $start0=$this_mapper->list_pairs($gene_id,$gene_start,$gene_end,$type);<br>


</pre></div>But I have a problem with the fourth argument: $type, i do not know which value to put.<br><br></div></div>Could yo help me with this?<br><br>My final objective is to extract the common regions between the genes for the different species of the alignment.<br>


<br></div>Thank you.<br><br></div>Kind regards,<br></div>Andrés Lanzós.</div>
</div><br></div>