<div dir="ltr"><div><div>Dear EnsEMBL Developers,<br><br></div>I receive the following exception when trying to retrieve a UTR feature from a transcript object. I have run the code on all 61 genomes of release 70 and I can only see issues with 5'-UTRs, but this is probably due to the data rather than the code and so the 3'-UTR code will likely also be affected too.<br>
<br><i><b>-------------------- EXCEPTION --------------------<br>MSG: Must call with start/end<br>STACK Bio::EnsEMBL::TranscriptMapper::cdna2genomic /Users/stevemoss/work/ensembl70/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/TranscriptMapper.pm:246<br>
STACK Bio::EnsEMBL::Transcript::cdna2genomic /Users/stevemoss/work/ensembl70/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Transcript.pm:2002<br>STACK Bio::EnsEMBL::Transcript::five_prime_utr_Feature /Users/stevemoss/work/ensembl70/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Transcript.pm:1713<br>
STACK toplevel /Users/stevemoss/Dropbox/PhD/Research/Development/gcat/modules/GCAT/Scripts/<a href="http://get_intron_counts.pl:124">get_intron_counts.pl:124</a><br>Date (localtime)    = Mon Apr 15 11:08:05 2013<br>Ensembl API version = 70<br>
---------------------------------------------------</b></i><br><br></div>The problem seems to be that the five_ and three_prime_utr_Feature method code assigns <i><b>my $cdna_coding = $self->cdna_coding_start();</b></i> (or cda_coding_end for the 3'-UTR) and then assumes a non undef value by then immediately calling <b><i>my ($genomic_pos) = $self->cdna2genomic($cdna_coding, $cdna_coding);</i></b>.<br>
<br>I worked around this by utilising the following code:<br><div><i><b><br></b></i><div><i><b>my $_5putr = defined $tr->cdna_coding_start ? $tr->five_prime_utr_Feature : undef;<br>my $_3putr = defined $tr->cdna_coding_end ? $tr->three_prime_utr_Feature : undef;</b></i><br>
<br>Perhaps this is due to me parsing non-coding genes? I should perhaps just check the biotype before parsing any further? Any thoughts welcome :)<br><br>Kindest regards,<br><div><div dir="ltr"><br>Steve Moss<br><a href="http://about.me/gawbul" target="_blank">http://about.me/gawbul</a></div>

</div></div></div></div>