<div dir="ltr"><div>Yes, perfect, thanks!<br></div>sarah<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 18, 2013 at 6:21 PM, Javier Herrero <span dir="ltr"><<a href="mailto:jherrero@ebi.ac.uk" target="_blank">jherrero@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Michael, Sarah<br>
    <br>
    That is right, C. elegans and S. cereviciae's genomes have no
    assembly gaps.<br>
    <br>
    I guess this answers your query, Sarah.<br>
    <br>
    Kind regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Javier</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 18/04/13 14:58, Michael Paulini
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div>Hi Sarah,<br>
        <br>
        you will be happy to know that for Caenorhabditis elegans we
        (WormBase) removed the last 4 Ns in 2004 and the last real gaps
        were filled over a decade ago.<br>
        But I cannot speak for other "finished" genome assemblies.<br>
        <br>
        best regards,<br>
        <br>
        Michael<br>
        <br>
        On 18/04/13 14:17, Sarah Djebali wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite">
        <pre>Dear developpers,

I am doing a transcriptome analysis of different species over the time (ie
for different ensembl versions), and I need to know where the gaps are
located for different assemblies of different species, is there an easy way
to do this automatically?

I would need in particular the gaps for:
- Caenorhabditis_elegans WBcel215
- Caenorhabditis_elegans WS220
- Saccharomyces_cerevisiae EF2
- Saccharomyces_cerevisiae EF3
- Saccharomyces_cerevisiae EF4

thanks!
Sarah

</pre>
        <br>
        <fieldset></fieldset>
        <br>
        <pre>_______________________________________________
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    </div></div><div class="im"><pre cols="72">-- 
Javier Herrero, PhD
Ensembl Coordinator and Ensembl Compara Project Leader
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton
Cambridge - CB10 1SD - UK</pre>
  </div></div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>***********************************************************<br>Sarah Djebali - Post-doctoral researcher<br>Center for Genomic Regulation (CRG)<br>Doctor Aiguader, 88  - 08003 BARCELONA<br>
Tel. +34 933 160 167 - Fax +34 933 160 099<br>sarah.djebali at crg dot es<br><a href="http://big.crg.cat/bioinformatics_and_genomics" target="_blank">http://big.crg.cat/bioinformatics_and_genomics</a>
</div>