<div dir="ltr">Hi Stuart,<div><br></div><div style>This works OK for me, both using this release's API (71) and the previous (70).</div><div style><br></div><div style>Here's my script:</div><div style><br></div><div style>
<div>use strict;</div><div>use warnings;</div><div><br></div><div>use Bio::EnsEMBL::Registry;</div><div>my ($host, $port, $user, $pass, $species);<br></div><div><br></div><div>$host = '<a href="http://ensembldb.ensembl.org">ensembldb.ensembl.org</a>';</div>
<div>$port = 5306;</div><div>$user = 'anonymous';</div><div>$pass = '';</div><div><br></div><div><br></div><div>my $reg = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</div><div><br></div><div>$reg->load_registry_from_db(</div>
<div>        -host       => $host,</div><div>        -user       => $user,</div><div>        -pass       => $pass,</div><div>        -port       => $port,</div><div>);</div><div><br></div><div>my $sa = $reg->get_adaptor('homo_sapiens','core','slice');</div>
<div>my $vfa = $reg->get_adaptor('homo_sapiens','variation','variationfeature');</div><div><br></div><div>my $chr = '9';</div><div>my $pos = '136131022';</div><div>my $slice = $sa->fetch_by_region('chromosome',$chr,$pos,$pos); #create a slice of 1 base length</div>
<div>    foreach my $vf (@{$vfa->fetch_all_by_Slice($slice)}){ #get all variations at that position</div><div>        my $snp = $vf->variation_name();</div><div>        my $as = $vf->allele_string;</div><div>        my $maf = $vf->minor_allele_frequency();</div>
<div>        my $ma = $vf->minor_allele();</div><div>        my $cons = $vf->display_consequence();</div><div>        my $vc = $vf->var_class();</div><div>        print "$chr\t$pos\t$snp\t$as\t$cons\t$vc\n";</div>
<div>}</div><div><br></div><div style>And the output:</div><div style><br></div><div style>9       136131022       rs8176751       C/T     downstream_gene_variant SNP<br></div><div style><br></div><div style>Perhaps you have a buglet somewhere in your script?</div>
<div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will McLaren</div><div style>Ensembl Variation</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 1 May 2013 14:50, Stuart Meacham <span dir="ltr"><<a href="mailto:sm766@cam.ac.uk" target="_blank">sm766@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
If I have the data chr:pos for a SNP can I expect to retrieve the Variation Feature(s) at that location via a Slice with something like:<br>
<br>
my $chr = '9';<br>
my $pos = '136131022'<br>
my $slice = $sa->fetch_by_region('<u></u>chromosome',$chr,$pos,$pos); #create a slice of 1 base length<br>
    foreach my $vf (@{$vfa->fetch_all_by_Slice($<u></u>slice)}){ #get all variations at that position<br>
        my $snp = $vf->variation_name();<br>
        my $as = $vf->allele_string;<br>
        my $maf = $vf->minor_allele_frequency();<br>
        my $ma = $vf->minor_allele();<br>
        my $cons = $vf->display_consequence();<br>
        my $vc = $vf->var_class();<br>
        print OUTPUT "$chr\t$pos\t$snp\t$as\t$cons\<u></u>t$vc\t$gene\n";<br>
    }<br>
}<br>
<br>
The reason I ask is because 9:136131022 doesn't seem to return rs8176751 although I have had success with other locations.<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
Stuart<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>