<div> </div>
<div>Hi Stuart,</div>
<div> </div>
<div>Hope all goes well with you! Do you have any input you can share to help debug this one?</div>
<div> </div>
<div>Sarah<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, May 8, 2013 at 12:02 PM, Stuart Meacham <span dir="ltr"><<a href="mailto:sm766@cam.ac.uk" target="_blank">sm766@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">Hi,<br><br>When using the VEP (Ensembl 71) with apparently well formed data I am getting some errors generated by the above mentioned module. It appears $hgvs_notation->{type} is queried when not defined at several locations in the module. I am using the 'ensembl' data format as input and outputting a vcf with the --everything flag. The VEP is producing output for all 715 records provided. The errors are for locations on ch1 and chrX.<br>
<br>For reference:<br><br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 934.<br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 938.<br>
Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 976.<br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 984.<br>
Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 753.<br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 769.<br>
Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 775.<br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 775.<br>
Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 806.<br>Use of uninitialized value in string eq at /home/sm766/src/vep/variant_<u></u>effect_predictor/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/<u></u>TranscriptVariationAllele.pm line 825.<br>
<br>Thanks<br><br>Stuart<br><br><br>______________________________<u></u>_________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></blockquote></div><br>