<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div style>The feature_types sub determines when the plugin is run depending on what feature type the TranscriptVariationAllele object overlaps.</div><div style><br></div><div style>
To enable your plugin to run on every variant, regardless of what it overlaps, you should have the sub return:</div><div style><br></div><div style>return ['Feature','Intergenic'];</div><div style><br></div>
<div style>Remove 'Intergenic' if you don't want the plugin to run on variants that don't overlap a transcript or regulatory feature.</div><div style><br></div><div style>'Feature' is a catch-all type that includes transcripts and regulatory feature types.</div>
<div style><br></div><div style>Hope this helps</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 9 May 2013 08:11, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    Hello,<br>
    <br>
    While I'm using VEP flag "--regulatory" flag I notice a weird output
    in my vep file.<br>
    Some lines present all empty columns except: Consequence, Feature
    and Feature_type.<br>
    <br>
    While I'm using VEP plugin Conservation (available in VEP github
    repository) some lines present all empty columns except:
    Consequence, Feature, Feature_type and Conservation.<br>
    <br>
    I would like that the rest of my columns (obtained from VCF through
    plugin) are also show. I think this has something to do with the
    following lines in my plugin:<br>
    <br>
    <pre>sub feature_types {</pre>
    <pre>    return ['Transcript'];</pre>
    <pre>}

</pre>
    I'm am wrong?<br>
    <br>
    Thank you !<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>