<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div>Test each plugin individually until you find the one that causes the error. It is highly unlikely that a particular combination of plugins is causing the crash.</div><div><br>
</div><div style>Check that there are no "print" (to STDOUT or STDERR) statements in your plugin - forking assumes that code remains silent otherwise it will throw errors like this.</div><div style><br></div><div style>
Also, check what, if anything, is cached between runs of your plugin. If you are caching things (for example to avoid re-querying a database), you may need to write storable hooks to ensure the data is getting cached between forks - see <a href="https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/ProteinSeqs.pm">https://github.com/ensembl-variation/VEP_plugins/blob/master/ProteinSeqs.pm</a> for an example.</div>
<div style><br></div><div style>If you still have no luck, send me the code and an input file that recreates the problem.</div><div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 13 May 2013 13:18, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    Hello,<br>
    <br>
    I've started to recently having problems with VEP script while using
    different plugins (most of them own plugins).<br>
    <br>
    <pre>2013-05-13 13:59:44 - Connected to core version 71 database and variation version 71 database
2013-05-13 13:59:44 - Loaded plugin: vcf_input
2013-05-13 13:59:44 - Loaded plugin: biobase
2013-05-13 13:59:44 - Loaded plugin: aa_grantham_distance
2013-05-13 13:59:44 - Loaded plugin: flanking_sequence
2013-05-13 13:59:44 - Loaded plugin: Condel
2013-05-13 13:59:44 - Output fields redefined (37 defined)
2013-05-13 13:59:44 - Starting...
2013-05-13 13:59:45 - Read 3888 variants into buffer
2013-05-13 13:59:54 - Reading transcript data from cache and/or database
[===============================================]  [ 100% ]
2013-05-13 14:02:38 - Retrieved 6463 transcripts (0 mem, 0 cached, 13743 DB, 7280 duplicates)
2013-05-13 14:02:38 - Calculating consequences
[===================================>           ]   [ 78% ]
ERROR: Forked process failed


</pre>
    I'm not getting any other error message. So I cannot debug properly.
    I thought my plugins were OK but it's seems they don't. I think the
    problem occurs when I use "aa_grantham_distance plugin" together
    with "flanking_sequence". I've no idea what could be causing this.<br>
    <br>
    I'm running VEP on verbose mode but I can't get any usefull
    information. How could I debug that?<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>