<div dir="ltr">Hi Stuart,<div><br></div><div>I'm not sure what you mean - do you want the reference allele in a column on each row? Or do you want to consider the reference allele as an alternate allele?</div><div><br>
</div><div style>For the former, you'd have to write a plugin, something like:</div><div style><br></div><div style><div>package RefAllele;</div><div><br></div><div>use strict;</div><div>use warnings;</div><div><br></div>
<div>use base qw(Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::BaseVepPlugin);</div><div><br></div><div>sub feature_types {</div><div>    return ['Feature','Intergenic'];</div><div>}</div><div><br></div><div>sub get_header_info {</div>
<div>    return {</div><div>        RefAllele => "Reference allele",</div><div>    };</div><div>}</div><div><br></div><div style>sub run {</div><div style>    my ($self, $tva) = @_;</div><div style>    return { RefAllele => (split "/", $tva->variation_feature->allele_string)[0] };</div>
<div style>}</div><div style><br></div><div style>For the latter, I don't think it can be done, and wouldn't make much sense!</div><div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div>
</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 14 May 2013 08:35, Stuart Meacham <span dir="ltr"><<a href="mailto:sm766@cam.ac.uk" target="_blank">sm766@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
Simple question: what is the easiest way to get the reference allele from a vcf formatted input file into a 'default' formatted output file whilst using the latest version of the Variant Effect Predictor?<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
Stuart<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>