<div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div>Now this was a weird bug!</div><div><br></div><div style>Somehow the $vf->{_line} was getting overwritten with some $_ value from the forking process communication handle.</div>
<div style><br></div><div style>Thanks for pointing it out, I've committed a fix to branch and head (in VEP.pm), although I'm mildly concerned I don't fully understand why it was happening.</div><div style><br>
</div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 16 May 2013 15:56, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Developers<div><br></div><div>I have created a simple plugin for VEP and adds to the annotation output file a few fields from an input VCF (namely the score and the the genotype fields for each processed individual.</div>


<div><br></div><div>It seems to work fine if I do not fork the process but using fork it dies complaining about line </div><div>86.</div><div><br></div><div>If it isn't too much trouble could you take a look and give me some hints why the $split_line[8] field might be undefined in the forked script? This should always be there because it is the genotype field of a VCF file and is included in all vcf lines.</div>


<div><br></div><div>Best regards</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br>Duarte</div><div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>