<div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div style>VCF headers are cached on $config->{headers}, which you should be able to access in your plugin as $self->{config}->{headers}.</div><div style><br></div><div style>
>From that you should be able to work out everything you need.</div><div style><br></div><div style>See the dbNSFP.pm plugin for an example of doing something similar.</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 17 May 2013 13:46, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.com" target="_blank">Duarte.Molha@ogt.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">BTW Will<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">I was thinking it would be very useful to create a plugin that could output to the annotation file, any fields from the input VCF file by declaring it explicitly as parameters.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Something like<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">--plugin vcf_fields_retrieval,INFO,FORMAT<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Or <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Less neatly<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">--plugin vcf_fields_retrieval,5,6,7<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">But in order to achieve this I would like to be able to:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">In the 1^st example, determine the field index position from the input name <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Or in the 2^nd example, determine the field name from the index position given and add that info in the get_header_info method<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">How to you think this would best be achieved?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Thank you<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Duarte<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"> <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Duarte Molha<br>
<b>Sent:</b> 17 May 2013 13:34</span></p><div><div class="h5"><br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] Question regarding plugin behavior under fork conditions in VEP<u></u><u></u></div>
</div><p></p></div></div><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Well … At least I am glad it is not my plugin coding ineptitude causing it </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:Wingdings;color:#1f497d">J</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Thanks for the fix<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Duarte<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">mailto:dev-bounces@ensembl.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Will McLaren<br>
<b>Sent:</b> 17 May 2013 12:43<br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] Question regarding plugin behavior under fork conditions in VEP<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div><p class="MsoNormal">Hi Duarte,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Now this was a weird bug!<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal">Somehow the $vf->{_line} was getting overwritten with some $_ value from the forking process communication handle.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div>
<div><p class="MsoNormal">Thanks for pointing it out, I've committed a fix to branch and head (in VEP.pm), although I'm mildly concerned I don't fully understand why it was happening.<u></u><u></u></p></div><div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Regards<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Will<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
<u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On 16 May 2013 15:56, Duarte Molha <<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">Dear Developers<u></u><u></u></p>
<div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I have created a simple plugin for VEP and adds to the annotation output file a few fields from an input VCF (namely the score and the the genotype fields for each processed individual.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">It seems to work fine if I do not fork the process but using fork it dies complaining about line <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">
86.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">If it isn't too much trouble could you take a look and give me some hints why the $split_line[8] field might be undefined in the forked script? This should always be there because it is the genotype field of a VCF file and is included in all vcf lines.<u></u><u></u></p>
</div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Best regards<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:#888888"><br>Duarte<u></u><u></u></span></p></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">
<br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>

Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>