<div dir="ltr">Hi Stuart,<div><br></div><div style>We provide a script for doing similar:</div><div style><br></div><div style>ensembl-variation/scripts/misc/convert_ensembl_to_SO_consequences.pl</div><div><br></div><div style>
You can also manually pull in the data from the %Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::Constants::OVERLAP_CONSEQUENCES hash.</div><div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div><div style>
<br></div><div style><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 20 May 2013 13:13, Stuart Meacham <span dir="ltr"><<a href="mailto:sm766@cam.ac.uk" target="_blank">sm766@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I have a database table on which I need to convert my Ensembl consequence 'strings' to SO consequence strings using the information here:<br>
<br>
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/predicted_data.html#consequences" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/<u></u>docs/variation/predicted_data.<u></u>html#consequences</a><br>
<br>
Is there any reason that the table in the above page shows the database strings (i.e. unicase with spaces replaced by underscore) for SO consequence and human readable strings (i.e. those that were actually displayed on the website) for the Ensembl consequence? Showing the same type of data for both fields would be very helpful ;)<br>

<br>
Thanks<br>
<br>
Stuart<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>