<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>HI, </div><div> I would require some guidance please-</div><div> I would like from a slice object containing several variation features, to retrieve all variation object and additional information (overlapping gene or ), and print them in a OUT file like this, </div><div>name of variation:rs12114605<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">    </span>alles:C/T<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>start:55749184<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">   </span>end:55749184<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">     </span>consequence:INTRONIC<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">             </span>transcript_name:ENST00000521465<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">  </span>gene_name:ENSG00000254608<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>gene_extname:RP11-56A10.1</div><div><br></div><div>Starting from the variation and associated annotation and retrieving  overlapping gene or neighbouring information- I had a look in the variation feature object and it seems from the variation we can retrieve gene content and neighbouring genes with 2 methods below, although I didn't managed to use them from my variation feature-</div><table class="memberdecls" style="font-family: 'Lucida Grande', Verdana, Geneva, Arial, sans-serif; font-size: 12px; color: rgb(0, 0, 0); border-spacing: 0px; padding: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><tbody><tr style="vertical-align: top;"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top" style="font-size: 1em; text-align: left; border-top-width: 1px; border-style: solid none none; border-top-color: rgb(196, 207, 229); color: rgb(51, 51, 51); background-color: rgb(249, 250, 252); margin: 4px; padding: 1px 0px 0px 8px; white-space: nowrap;">public <a class="elRef" doxygen="ensembl.tag:../core-api//" href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Gene.html" style="color: rgb(70, 101, 162); text-decoration: none; ">Bio::EnsEMBL::Gene</a> </td><td class="memItemRight" valign="bottom" style="font-size: 1em; text-align: left; border-top-width: 1px; border-style: solid none none; border-top-color: rgb(196, 207, 229); color: rgb(51, 51, 51); background-color: rgb(249, 250, 252); margin: 4px; padding: 1px 0px 0px 8px; width: 750px;"><a class="elRef" doxygen="ensembl.tag:../core-api//" href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Feature.html#a8a7c8af129910c4daa088b87171b86a6" style="color: rgb(70, 101, 162); text-decoration: none; ">get_nearest_Gene</a> ()</td></tr><tr style="vertical-align: top;"><td class="memItemLeft" align="right" valign="top" style="font-size: 1em; text-align: left; border-top-width: 1px; border-style: solid none none; border-top-color: rgb(196, 207, 229); color: rgb(51, 51, 51); background-color: rgb(249, 250, 252); margin: 4px; padding: 1px 0px 0px 8px; white-space: nowrap;">public List </td><td class="memItemRight" valign="bottom" style="font-size: 1em; text-align: left; border-top-width: 1px; border-style: solid none none; border-top-color: rgb(196, 207, 229); color: rgb(51, 51, 51); background-color: rgb(249, 250, 252); margin: 4px; padding: 1px 0px 0px 8px; width: 750px;"><a class="elRef" doxygen="ensembl.tag:../core-api//" href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Feature.html#ad2bee4aa5ed7b624a47d92456eb8e978" style="color: rgb(70, 101, 162); text-decoration: none; ">get_overlapping_Genes</a> ()</td></tr></tbody></table><div><br></div><div>So I chose to get all the transcripts corresponding to my variation using get_all_TranscriptVariations method (see below), but ovisouly I am missing neighbour gene info. Is this the best way to interrogate the genetic (or neighbouring gene?) content of the variation?</div><div>thanks</div><div>Nathalie</div><div><br></div><div><br></div><div>#variation</div><div>my $human_slice_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor('Human', 'Core', 'Slice');</div><div>my $human_query_slice = $human_slice_adaptor->fetch_by_region('chromosome',$genomic_align->dnafrag->name,$genomic_align->dnafrag_start,$genomic_align->dnafrag_end);</div><div><br></div><div>###  get all variations in human slice</div><div>my $vfh_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor('homo_sapiens', 'variation', 'variationfeature'); #get adaptor to VariationFeature object</div><div><div>my $gene_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor('human', 'core', 'gene');</div></div><div><br></div><div>my $vfsh = $vfh_adaptor->fetch_all_by_Slice($human_query_slice); #return ALL variations defined in $slice</div><div><br></div><div>foreach my $vfh (@{$vfsh}){ </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>print   OUT join "\t", $vfh->variation_name, $vfh->allele_string,  $vfh->seq_region_start,$vfh->seq_region_end,$vfh->most_severe_OverlapConsequence->display_term, "\t";<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>;#this is where i need to check the variation gene content</div><div>#get transcripts corresponding to the variation features. </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>my $transcripts=$vfh->get_all_TranscriptVariations;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">          </span>foreach my $transcript (@{$transcripts}) {</div><div>if (!@{$transcripts}){print 'no_gene',"\t";}</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">           </span>print OUT 'transcript',"\t",my $id=$transcript->transcript_stable_id,"\t";</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">            </span>my $gene = $gene_adaptor->fetch_by_transcript_stable_id($id);</div><div>     <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">         </span>print OUT $gene->stable_id, "\t",$gene->external_name,"\n";</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>      <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">               </span>#print OUT $gene->stable_id if (defined $gene->external_name),"\t",$gene->external_name,"\n";</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">           </span>}</div></body></html>