<div dir="ltr"><div style>Hi Will</div><div style><br></div><div style>I came across another unexpected  behavior that I would like to report to you...</div><div style>After running one of my VCF files a few variations output an empty GMAF field like <br>

</div><div style><br></div><div style>GMAF=: <br></div><div style><br></div><div style>Here is one of the output lines in question : </div><div style><br></div><div style>1_145075775_G/A 1:145075775    A        ENSG00000178104 ENST00000530740 Transcript      missense_variant    127 88      30      P/S     Cct/Tct rs76199660,COSM329521   alt_alleles=A;ENSP=ENSP00000435654;PolyPhen=possibly_damaging(0.739);Grantham=74;SIFT=deleterious(0);quality_score=113.16;AD=220,25;GT=0/1;CAROL=Deleterious(0.999);DP=247;GQ=99;CLIN_SIG=other;Condel=deleterious(0.715);GMAF=:;PL=153,0,6524;ZYG=HET;BLOSUM62=-1;EXON=1/46;IND=S100807505;HGNC=PDE4DIP;GERP++_RS=3.25</div>

<div><br></div><div><br></div><div style>here is the VCF line that produces it:</div><div style><br></div><div style><div>1   145075775   . G   A 113.16 SNPhardFilter AC=1;AF=0.056;AN=18;BaseQRankSum=-5.651;DP=1883;DS;Dels=0.00;FS=0.784;HRun=0;HaplotypeScore=26.7686;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.964;SB=-64.14;set=FilteredInAll   GT:AD:DP:GQ:PL    0/0:247,1:248:99:0,617,7876 0/0:249,0:250:99:0,644,8180  0/1:220,25:247:99:153,0,6524     0/0:95,0:95:99:0,247,3222       0/0:247,1:248:99:0,656,8350     0/0:249,1:250:99:0,598,8015     0/0:215,0:215:99:0,560,7164 0/0:164,0:164:99:0,415,5416     0/0:166,0:166:99:0,433,5729</div>

<div><br></div><div style>I was expecting that if you do not have GMAF information for any given variation the field simply would not be output. Is this correct?</div><div style><br></div><div style>Best regards</div><div style>

<br></div><div style>Duarte</div></div>
</div>