<div dir="ltr"><div style>I am not sure if you have already addressed this question Will</div><div style>But I would like to request that a additional option be included for annotation output.<br></div><div style><br></div>

<div style>Currently the GMAF of a given known variation is output with the --GMAF flag</div><div style><br></div><div style>However, this does not give us the frequency of the seen allele on out sample.</div><div style>
<br>
</div><div style>say their is a variation </div><div style><br></div><div style>like so</div><div style>ref_allele       alt_alleles</div><div style>C                     A,T</div><div style><br></div><div style>And our sample has a genotype 1,2</div>

<div style>and the GMAF gives us GMAF=A:0.2399</div><div style><br></div><div style>In this case it is not possible to determine the allelic frequency of the other allele present in the sample.</div><div style><br></div>
<div style>
Ideally there should be a flag like --allele_freq that would five you the allele for the allele present in the sample.</div><div style>You must already be calculating this because you have fields for filtering variation based on their frequency in any given population ,</div>

<div style><br></div><div style>Best regards</div><div style><br></div><div style>Duarte</div><br clear="all"><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br>

</font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div>
</div>