<div dir="ltr">Also, in addition to this, I could probably use the frequency flags to they all information i need and then parse it later on...<div><br></div><div>like </div><div><br></div><div><div>check_frequency<span class="" style="white-space:pre">             </span>1</div>

<div>freq_filter<span class="" style="white-space:pre">         </span>include</div><div>freq_freq<span class="" style="white-space:pre">           </span>1</div><div>freq_gt_lt<span class="" style="white-space:pre">                </span>lt</div><div>

freq_pop<span class="" style="white-space:pre">               </span>any</div></div><div><br></div><div style>However, this is cumbersome and also removes all other variants from the output that have no frequency information.</div><div style>

<br></div><div style>Thanks</div><div style><br></div><div style>Duarte</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">=========================<br>

     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div>

</div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 22, 2013 at 11:57 AM, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div>I am not sure if you have already addressed this question Will</div><div>But I would like to request that a additional option be included for annotation output.<br></div><div><br></div>
<div>Currently the GMAF of a given known variation is output with the --GMAF flag</div><div><br></div><div>However, this does not give us the frequency of the seen allele on out sample.</div><div><br>
</div><div>say their is a variation </div><div><br></div><div>like so</div><div>ref_allele       alt_alleles</div><div>C                     A,T</div><div><br></div><div>And our sample has a genotype 1,2</div>
<div>and the GMAF gives us GMAF=A:0.2399</div><div><br></div><div>In this case it is not possible to determine the allelic frequency of the other allele present in the sample.</div><div><br></div><div>
Ideally there should be a flag like --allele_freq that would five you the allele for the allele present in the sample.</div><div>You must already be calculating this because you have fields for filtering variation based on their frequency in any given population ,</div>


<div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Duarte</div><br clear="all"><div><font style color="#999999">=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha      <br>
</font><div><font style color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div></div>
</div>
</blockquote></div><br></div>