<div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div style>dbSNP have fixed this entry since we imported it. The next time we import from dbSNP the merge will be picked up and the higher rs will be given as a synonym for the lower.</div>
<div style><br></div><div style>There's no existing flag, but you could process the data with a plugin. Existing variants are cached on the variation feature object.</div><div style><br></div><div style>There is a need for caution here - for example, if a deletion and a SNP are co-located, you won't be able to distinguish between the two based on the rsID alone; you should use --check_alleles to ensure that the VEP only reports an existing variation if the alleles match exactly to your input.</div>
<div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 24 May 2013 10:27, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Developers </div><div><br></div><div>I have a variant that I annotated using VEP at position </div>
<div>2_3504687_A/G Genotype 0/1<br></div><div><br></div><div>when annotating this I get 2 RS ids on the Existing_variation field : </div>

<div><br></div><div>rs9950,rs17350005<br></div><div><br></div><div>in dbSNP , the latter has been merged back into the former, but in ENSEMBL there is no such indication.</div><div><br></div>

<div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=rs17350005" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?rs=rs17350005</a><br></div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Summary?db=core;r=2:3504187-3505187;v=rs17350005;vdb=variation;vf=9931714" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Summary?db=core;r=2:3504187-3505187;v=rs17350005;vdb=variation;vf=9931714</a><br>


</div><div><br></div><div>Also the synonyms field is empty  and I would expect, it they are in fact the same variation, then the rs9950 should be a  synonym for rs17350005, correct?</div><div><br></div>
<div>
Is there a flag  could use so that I could disregard the latter RSid (maybe using a plugin) ? </div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br>Duarte</div><div><br></div><br clear="all"><div><font style color="#999999">=========================<br>


     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div>

</div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>