<div dir="ltr">No, the cache that you download from our server contains the frequency data.<div><br></div><div style>To recreate this with your own cache would be more difficult, as the frequencies are imported from a separate data file.</div>
<div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 29 May 2013 11:20,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ok sorry I didn't read part about cache.<br>
<br>
So building a cache for homo sapiens ensembl 71 should do the trick. Both<br>
--database and --cache options are compatible?<br>
<br>
Thanks :)<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Hello,<br>
><br>
> Before testing freq filtering I was using --gmaf and --maf_1kg as only<br>
> frequency population options.<br>
><br>
> But because I've never seen an output file reporting any AFR_MAF, AMR_MAF,<br>
> ASN_MAF, EUR_MAF with any value other than "-" (empty) that's why I was<br>
> asking.<br>
><br>
> Does VEP do any kind of default filtering or threshold value for those<br>
> output columns?<br>
><br>
> Thanks.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Guillermo.<br>
><br>
><br>
><br>
>> Correct, but if you just want to display the frequencies without<br>
>> filtering,<br>
>> just use --gmaf and --maf_1kg - to do otherwise just wastes processing<br>
>> time!<br>
>><br>
>> Will<br>
>><br>
>><br>
>> On 29 May 2013 09:14, Duarte Molha <<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.com">Duarte.Molha@ogt.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Correct me if I am wrong Will� but I believe that the arguments<br>
>>> Guillermo<br>
>>> is using are not adequate�****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> Guillermo�If I understand correctly with your arguments you are<br>
>>> requesting<br>
>>> the script to check for frequencies and include all with a frequency<br>
>>> above<br>
>>> 1� Obviously there is no variant with a frequency above 1 J****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> I think what you want is:****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> check_frequency    1<br>
>>> freq_pop           any<br>
>>> freq_freq          1<br>
>>> freq_gt_lt         lt   *(not gt�)*<br>
>>> freq_filter        include****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> Best regards****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> Duarte****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> *From:* <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a>] *On<br>
>>> Behalf Of *Guillermo Marco Puche<br>
>>> *Sent:* 28 May 2013 16:33<br>
>>> *To:* Ensembl developers list<br>
>>> *Subject:* [ensembl-dev] VEP populations frequency on output****<br>
>>><br>
>>> ** **<br>
>>><br>
>>> Hello !<br>
>>><br>
>>> Currently I'm using *gmaf* and *maf_1kg* options.<br>
>>><br>
>>> On my output AFR_MAF, AMR_MAF, ASN_MAF, EUR_MAF are always being<br>
>>> reported<br>
>>> empty "-". Just GMAF is being reported non empty.<br>
>>> I want population frequency to be reported from 0 to maximum. I mean<br>
>>> report all values I can.<br>
>>><br>
>>> I've tried adding the following options:<br>
>>><br>
>>> check_frequency    1<br>
>>> freq_pop           any<br>
>>> freq_freq          1<br>
>>> freq_gt_lt         gt<br>
>>> freq_filter        include<br>
>>><br>
>>><br>
>>> This does include more lines to VEP output but all the columns still<br>
>>> empty.<br>
>>><br>
>>> Here's a variation example where other population should be reported:<br>
>>><br>
>>><br>
>>> <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:11905298-11906308;v=rs144578530;vdb=variation;vf=35767060" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:11905298-11906308;v=rs144578530;vdb=variation;vf=35767060</a><br>

>>><br>
>>> I don't know if this is a bug or I'm misunderstanding how it works. As<br>
>>> I<br>
>>> said I want all freqs to be reported without any minium or filter.<br>
>>><br>
>>> Thanks !<br>
>>><br>
>>> Best regards,<br>
>>> Guillermo****<br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>>><br>
>>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>