<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div>I'm not exactly sure what question you are asking; the Conservation.pm plugin by default fetches GERP conservation scores, but the plugin's configuration allows you to specify a different method e.g.:</div>
<div><br></div><div style>--plugin Conservation,[alt_method]</div><div><br></div><div>I'm not familiar with this area of the API - you should consult the Compara documentation:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/compara/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/compara/index.html</a><br>
</div><div><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div><div style>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 May 2013 17:04, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    Hello,<br>
    <br>
    I'm using Conservation score plugin from VEP repository. But I've a
    doubt since long time ago I used GERP method (which I believe is now
    deprecated).<br>
    <br>
    I'm confused, so now Conservation score equals GERP? (<i>Genomic
      Evolutionary Rate Profiling</i> score is the estimation of the
    conservation for a position in the evolutionary scale through
    multiple alignments)<br>
    <br>
    Thank you :)<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>