<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div style>--maf_1kg is only compatible with using the cache (--cache or --offline), as this is where the frequencies are stored. I don't think it says as much in the documentation; I will get this updated</div>
<div style><br></div><div style>To retrieve them from the database (using --database) would be extremely slow; you should always use the cache if you can.</div><div style><br></div><div style>Regards</div><div style><br></div>
<div style>Will</div><div style><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 28 May 2013 16:32, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    <big>Hello !<br>
      <br>
      Currently I'm using <b>gmaf</b> and <b>maf_1kg</b> options.<br>
      <br>
      On my output AFR_MAF, AMR_MAF, ASN_MAF, EUR_MAF are always being
      reported empty "-". Just GMAF is being reported non empty.<br>
      I want population frequency to be reported from 0 to maximum. I
      mean report all values I can.<br>
      <br>
      I've tried adding the following options:<br>
      <br>
      check_frequency    1<br>
      freq_pop           any<br>
      freq_freq          1<br>
      freq_gt_lt         gt<br>
      freq_filter        include<br>
      <br>
      <br>
      This does include more lines to VEP output but all the columns
      still empty.<br>
      <br>
      Here's a variation example where other population should be
      reported: <br>
      <br>
<a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:11905298-11906308;v=rs144578530;vdb=variation;vf=35767060" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:11905298-11906308;v=rs144578530;vdb=variation;vf=35767060</a><br>

      <br>
      I don't know if this is a bug or I'm misunderstanding how it
      works. As I said I want all freqs to be reported without any
      minium or filter.<br>
      <br>
      Thanks !<br>
      <br>
      Best regards,<br>
      Guillermo<br>
      <br>
    </big>
    
    
    
    
    
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>