<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Dear EnsEMBL developers,<div><br></div><div>I'm trying to work out how best to retrieve a tree (Newick format?) showing the significant expansions and contractions, as you can see here, for example <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/SpeciesTree?db=core;g=ENSG00000159917;r=19:44782947-44813601;t=ENST00000291182" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/SpeciesTree?db=core;g=ENSG00000159917;r=19:44782947-44813601;t=ENST00000291182</a>.</div>

<div><br></div><div>I'm playing around with the API at the moment and pulling some data out, but it isn't that intuitive. The current CAFEGeneFamily and CAFEGeneFamilyAdaptor code doesn't seem to have any examples on this and I can't find anything in the EnsEMBL tutorial information.</div>

<div><br></div><div>I've been through all my candidate genes, pulled the CAFE gene tree root IDs for those data, that have a significant CAFE gene gain/loss tree, but am struggling with where to go from there to build the final "product" i.e. a text representation of the above graphic?</div>

<div><br></div><div>Ideally, I would like to be able to output this in a CAFE style output format (EnsEMBL Family ID, Gene Tree (with species name and gene count), Family P Value, Nodes P Values), e.g.:</div><div>
<br></div><div>ENSFM00250000006933<span style="white-space:pre-wrap"> </span>(((((((((Homosapiens_7:6.4,Pantroglodytes_1:6.4)_1:2.4,Gorillagorilla_1:8.8)_1:6.9,Pongoabelii_1:15.7)_1:4.7,Nomascusleucogenys_1:20.4)_1:8.8,Macacamulatta_1:29.2)_1:13.4,Callithrixjacchus_1:42.6)_1:22.6,Tarsiussyrichta_0:65.2)_1:8.8,(Microcebusmurinus_1:57.9,Otolemurgarnettii_1:57.9)_1:16.1)_1:16,Tupaiabelangeri_1:90)_1<span style="white-space:pre-wrap">      </span>0.004000<span style="white-space:pre-wrap">        </span>((0.000000,0.538467),(0.513088,0.543748),(0.534524,0.597471),(0.524517,0.585395),(0.544478,0.583311),(0.568740,0.701965),(0.613489,0.272744),(0.541873,0.581644),(0.675047,0.563343),(0.591851,0.503703))</div>

<div><br></div><div>Has anyone done this already?</div><div><br></div><div><div dir="ltr">Kindest regards,<br><br>Steve Moss<br><a href="http://about.me/gawbul" target="_blank">http://about.me/gawbul</a></div></div></div>
</div>
</div>