<div dir="ltr">Hello Stuart,<div><br>Thanks for finding the problem here. I've patched in a fix on CVS, so you should pick it up if you update your ensembl-variation API checkout or re-run INSTALL.pl</div><div><br></div>
<div style>The issue was that warnings from --check_ref (and from HGVS if there was an issue with alleles/strands) were causing forked processes to die rather than just warn and continue.</div><div style><br></div><div style>
Regards</div><div style><br></div><div style>Will McLaren</div><div style>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 27 June 2013 15:39, Stuart Watt <span dir="ltr"><<a href="mailto:Stuart.Watt@oicr.on.ca" target="_blank">Stuart.Watt@oicr.on.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi all
<div><br>
</div>
<div>I found an interesting corner case for another VEP "fork of death" problem. I managed to replicate it fairly successfully, but haven't had a chance to pin it down. </div>
<div><br>
</div>
<div>The scenario is: I'm using a subset of COSMIC in a fairly large (700k variants) input file. I'm using both --hgvs and --check_ref, and they seem to interact. Using --hgvs alone works. Using both in non-fork mode I get sometimes got errors about reference
 alleles and variant alleles being the same. In fork mode the same parameters throw an error, possibly as the errors leak into data communications. What is odd is that these errors went away when --check_ref was not used, and that when I checked the lines reporting
 errors, the alleles were in fact different. It is as if something accessed or revealed by --check_ref is being modified behind the scenes, triggering the HGVS errors. </div>
<div>
<ul>
<li>Succeeds: perl -X /Users/swatt/ensembl/ensembl-tools/scripts/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --format ensembl --offline --no_progress --canonical --check_existing --force_overwrite --numbers --buffer_size 5000 --sift b --polyphen b
 --compress gzcat --fasta /Users/swatt/fasta --input_file vep1.txt --output_file vep1.vep_output --hgvs --fork 8 </li><li>Fails (Fork of Death): perl -X /Users/swatt/ensembl/ensembl-tools/scripts/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --format ensembl --offline --no_progress --canonical --check_existing --force_overwrite --numbers --buffer_size 5000 --sift b
 --polyphen b --compress gzcat --fasta /Users/swatt/fasta --input_file vep1.txt --output_file vep1.vep_output --hgvs --fork 8 --check_ref</li><li>Succeeds (probably, eventually, but it takes a very long time): perl -X /Users/swatt/ensembl/ensembl-tools/scripts/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --format ensembl --offline --no_progress --canonical --check_existing --force_overwrite
 --numbers --buffer_size 5000 --sift b --polyphen b --compress gzcat --fasta /Users/swatt/fasta --input_file vep1.txt --output_file vep1.vep_output --hgvs --check_ref</li></ul>
<div>The only options that seem to determine these behaviours are --fork, --check_ref, and --hgvs, but I haven't exhaustively factored out the other options. </div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Despite this, I can now complete the full file in fork mode on OSX, and that saves me many hours. So thanks for all the great work on these issues so far. </div>
<div><br>
</div>
<div>I'm happy to provide data files and other info if required. If anybody has any tips in debugging this, I may get time to peek further into the perl code and figure out where things go funny. </div>
<div><br>
</div>
<div>Configuration info:</div>
<div>OSX - Lion</div>
<div>
<div>perl - 5.16.1 (not system perl, built using perlbrew)</div>
</div>
<div>Ensembl/VEP version 72</div>
<div>
<div><span style="line-height:normal;text-indent:0px;border-collapse:separate;letter-spacing:normal;text-align:-webkit-auto;font-variant:normal;text-transform:none;font-style:normal;white-space:normal;font-weight:normal;word-spacing:0px"><span style="line-height:normal;text-indent:0px;border-collapse:separate;letter-spacing:normal;text-align:-webkit-auto;font-variant:normal;text-transform:none;font-style:normal;white-space:normal;font-weight:normal;word-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<p style="margin-bottom:0px">All the best</p>
<div>Stuart</div>
<p style="margin-bottom:0px"><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:8pt">--</span></p>
<div style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(57,121,59);margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<b>Stuart Watt, PhD</b></div>
<p style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:8pt;margin-top:0px">Scientific Associate</p>
<p style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(57,121,59);margin-bottom:0px">
<b>Ontario Institute for Cancer Research</b></p>
<p style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:8pt;margin-top:0px">MaRS Centre, South Tower<br>
101 College Street, Suite 800<br>
Toronto, Ontario, Canada M5G 0A3</p>
<p style="font-family:Verdana,sans-serif;font-size:8pt">Toll-free: 1-866-678-6427<br>
<a href="http://www.oicr.on.ca" target="_blank">www.oicr.on.ca</a></p>
<div style="font-size:medium;font-family:Times"><br>
</div>
<p style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:8pt">This message and any attachments may contain confidential and/or privileged information for the sole use of the intended recipient. Any review or distribution by anyone other than the person for whom
 it was originally intended is strictly prohibited. If you have received this message in error, please contact the sender and delete all copies. Opinions, conclusions or other information contained in this message may not be that of the organization.</p>

</div>
</span></span></div>
<br>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>