<div dir="ltr">Hi-<div><br></div><div>VEP 72 reports protein consequences that contain an equal sign in the CSQ INFO section. This violates the VCF spec, which says "INFO additional information: (String, no white-space, semi-colons, or equals-signs permitted;" (<a href="http://goo.gl/R0C1U">http://goo.gl/R0C1U</a>)</div>

<div><br></div><div>Example:</div><div><a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a>  --database --vcf -o - --hgvs<br></div><div><br></div><div>with the variant ENST00000341065.4:c.1163G>C</div>

<div><br></div><div>returns a record that contains </div><div> ... ENST00000341065.4:c.1163G>C|ENST00000341065.4:c.1163G>C(p.=)| ...</div><div><br></div><div>I don't know whether there is an escaping mechanism for the INFO sections, so I'm not sure what should be done about this.</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Reece</div><div><br></div></div>