<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">On Mon, Jul 22, 2013 at 1:26 AM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div>I'm not sure what would be best to do here - I could pick a character to swap it to, or perhaps something like "eq" instead?</div><div><br></div><div>Do any other VEP users have a preference?</div>
<div></div></blockquote></div><br>I think a standard encoding mechanism is preferable to an ensembl-specific one. How about url encoding (e.g., %3D)? I think URI::Escape should do it. Probably also worth noting in the VCF header that CSQ is URI-escaped.</div>

<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks Will!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">-Reece</div><div class="gmail_extra"><br></div></div>