<div dir="ltr">Hi Reece,<div><br></div><div>Thanks for pointing this out, this could catch out parsers if they split on the "=".</div><div><br></div><div>There's a couple of things that get converted when being pushed to VCF ("," becomes "&"), I missed this.</div>
<div><br></div><div>I'm not sure what would be best to do here - I could pick a character to swap it to, or perhaps something like "eq" instead?</div><div><br></div><div>Do any other VEP users have a preference?</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 22 July 2013 05:20, Reece Hart <span dir="ltr"><<a href="mailto:reece@harts.net" target="_blank">reece@harts.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi-<div><br></div><div>VEP 72 reports protein consequences that contain an equal sign in the CSQ INFO section. This violates the VCF spec, which says "INFO additional information: (String, no white-space, semi-colons, or equals-signs permitted;" (<a href="http://goo.gl/R0C1U" target="_blank">http://goo.gl/R0C1U</a>)</div>


<div><br></div><div>Example:</div><div><a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a>  --database --vcf -o - --hgvs<br></div><div><br></div><div>with the variant ENST00000341065.4:c.1163G>C</div>


<div><br></div><div>returns a record that contains </div><div> ... ENST00000341065.4:c.1163G>C|ENST00000341065.4:c.1163G>C(p.=)| ...</div><div><br></div><div>I don't know whether there is an escaping mechanism for the INFO sections, so I'm not sure what should be done about this.</div>


<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Reece</div><div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>