<div dir="ltr"><div>Dear developers...</div><div><br></div><div>I was wondering if you could let me know what is going on with a annotation run I have done.</div><div><br></div><div>here is the VCF line I am annotating:</div>

<div><br></div><div><p class="">22          
20780091            
.              
C            
G            
37059.72             
PASS               
AC=2;AF=1.000;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=1208;Dels=0.00;FS=22.647;HRun=6;HaplotypeScore=1.4039;InbreedingCoeff=-0.0011;MQ0=0;MQ=52.10;MQRankSum=5.421;QD=30.68;ReadPosRankSum=5.470;SB=-14651.30;set=variant2               
GT:AD:DP:GQ:PL             
1/1:0,47:47:99:1482,126,0</p><p class="">and here is one of the my annotation output lines:</p><p class="">22_20780091_C/G          
22:20780091      
rs759610,rs77189880      
G             HOM    
ENSG00000244486          
ENST00000266214               
Transcript           
synonymous_variant     C:0.1383</p><p class="">as you can see from this line the gmaf frequency being reported is C:0.1383.</p><p class="">However I was using the filter_common flag so this variation should have been disregarded because the gmaf is above 0.01.</p>

<p class="">Can you explain to be if I am doing something wrong here?<br></p><p class="">Your help is much appreciated.<br></p><p class="">Duarte</p></div>
</div>