<div dir="ltr">Thanks Duarte, the VEP was being caught out by having multiple co-located variants.<div><br></div><div>This is fixed on CVS now.</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On 22 August 2013 16:13, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div>Dear developers...</div><div><br></div><div>I was wondering if you could let me know what is going on with a annotation run I have done.</div><div><br></div><div>here is the VCF line I am annotating:</div>


<div><br></div><div><p>22          
20780091            
.              
C            
G            
37059.72             
PASS               
AC=2;AF=1.000;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=1208;Dels=0.00;FS=22.647;HRun=6;HaplotypeScore=1.4039;InbreedingCoeff=-0.0011;MQ0=0;MQ=52.10;MQRankSum=5.421;QD=30.68;ReadPosRankSum=5.470;SB=-14651.30;set=variant2               
GT:AD:DP:GQ:PL             
1/1:0,47:47:99:1482,126,0</p><p>and here is one of the my annotation output lines:</p><p>22_20780091_C/G          
22:20780091      
rs759610,rs77189880      
G             HOM    
ENSG00000244486          
ENST00000266214               
Transcript           
synonymous_variant     C:0.1383</p><p>as you can see from this line the gmaf frequency being reported is C:0.1383.</p><p>However I was using the filter_common flag so this variation should have been disregarded because the gmaf is above 0.01.</p>


<p>Can you explain to be if I am doing something wrong here?<br></p><p>Your help is much appreciated.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></p><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><p>Duarte</p>
</font></span></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>