<div dir="ltr">Hello all,<br><br><p>I'm having a problem to run the "protein2dna:bestfit" model in my 64 bit computer and under both Linux Cluster and Cygwin.
For the Linux Cluster I've tried both the readymade executable and compiled source code. I downloaded the sources from 
 ensemble CVS as well as the tarball from  EBI <br></p><p><a href="https://github.com/nathanweeks/exonerate/blob/master/README">https://github.com/nathanweeks/exonerate/blob/master/README</a><br></p>

<p>Program details: <code>./exonerate -v</code></p>

<pre class=""><code>exonerate from exonerate version 2.2.0
Using glib version 2.22.5
Built on Aug 26 2013
</code></pre>

<p>The simple command I used :</p>

<pre class=""><code>./exonerate -m p2d:b -q test_protein.fasta -t test_dna.fasta --exhaustive yes
</code></pre>

<p>The program just quits without producing any output as follows:</p>

<pre class=""><code>** (process:1922): WARNING **: Exhaustively generating suboptimal alignments will be VERY SLOW
-- completed exonerate analysis
</code></pre>

<p><strong>***However it runs fine with my old 32 bit Ubuntu.</strong>****Also it runs fine if the 'bestfit' part is dropped i.e when only "protein2dna" model is used.</p>

<p>The Pastebin Protein and DNA file links are here:</p>

<p><a href="http://pastebin.com/ex1BhJHF">http://pastebin.com/ex1BhJHF</a> 
<a href="http://pastebin.com/zWLYKaw3"><br></a></p><p><a href="http://pastebin.com/zWLYKaw3"></a></p><p><a href="http://pastebin.com/zWLYKaw3">http://pastebin.com/zWLYKaw3</a></p>

<p>Did anybody face the same problem and any suggestions to solve it?</p>

<p>I'm approaching a deadline fast, and by 32 bit Ubuntu can't handle 
the big data I've to process. So, any help is much appreciated</p>

Thanks in advance<br></div>