
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; ">

<div>Hi,</div>

<div> I would greatly appreciated if anybody could tell me what it means by an initiator codon in ENSEMBL? If it refers to the translational start site, why some of the HUMAN transcripts in ENSEMBL  show an initiator codon other than 'AUG' ? Considering this

 example, <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?g=ENSG00005917;r=2:20449625-20512017;t=ENST00000440577;transcript=ENST0000044057">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?g=ENSG00005917;r=2:20449625-20512017;t=ENST00000440577;transcript=ENST0000044057</a>,

 this transcript shows a translation with 'R' as the first amino acid whereas you would expect to see a 'M' as in this example <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSG00000055917;r=2:20449625-20512017;t=ENST00000442400">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSG00000055917;r=2:20449625-20512017;t=ENST00000442400</a> </div>

<div><br>

</div>

<div>I see the first example shows its CDS as incomplete. Does that mean it is actually missing some transcript info? My other question is, how is the initiator_codon_variant defined? Does this mean a variation in the translational start or the transcription

 start site?</div>

<div><br>

</div>

<div>regards,</div>

<div>uma </div>

</body>

</html>