<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I don't see any similar issues testing with a small input file.<br><div><br></div><div>The Conservation plugin depends on the ensembl-compara API module - check that you have updated it to the latest version (73). Note that this is not done by the VEP installer since the ensembl-compara module is not required by the core VEP.</div>
<div><br></div><div>If you're using CVS, just do:</div><br>cd /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/<br>cvs up -dPr branch-ensembl-73<div><br></div><div>If you still see the issue, can you please provide a sample of input and the command line flags you were using that recreates the error.</div>
<div><br><div>Thanks<br><br>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation<br><div><br></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 7 October 2013 11:54, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    Hello,<br>
    <br>
    I recently updated to ensembl73 database. I've found the following
    problem with Conservation plugin:<br>
    <br>
    <pre>Cannot find the core database of 'takifugu_rubripes' in the Registry. Be aware that getting Core objects from Compara is not possible for this species at /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/GenomeDB.pm line 444.</pre>

    <pre>Cannot find the core database of 'ciona_savignyi' in the Registry. Be aware that getting Core objects from Compara is not possible for this species at /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/GenomeDB.pm line 444.</pre>

    <pre>Cannot find the core database of 'macaca_mulatta' in the Registry. Be aware that getting Core objects from Compara is not possible for this species at /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/GenomeDB.pm line 444.</pre>

    <pre>Cannot find the core database of 'echinops_telfairi' in the Registry. Be aware that getting Core objects from Compara is not possible for this species at /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/GenomeDB.pm line 444.</pre>

    <pre>Cannot find the core database of 'gasterosteus_aculeatus' in the Registry. Be aware that getting Core objects from Compara is not possible for this species at /home/likewise-open/SGNET/gmarco/src/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/GenomeDB.pm line 444.</pre>

    (...)<br>
    <pre>-------------------- WARNING ----------------------</pre>
    <pre>MSG: Unable to find method_link_species_set with method_link_type of Conservation_score and species_set_tag value of mammals</pre>
    <pre>FILE: Compara/DBSQL/MethodLinkSpeciesSetAdaptor.pm LINE: 567</pre>
    <pre>CALLED BY: vep_config/Plugins/Conservation.pm  LINE: 82</pre>
    <pre>Date (localtime)    = Mon Oct  7 12:36:33 2013</pre>
    <pre>Ensembl API version = 73</pre>
    <pre>---------------------------------------------------</pre>
    <pre>2013-10-07 12:36:33 - Failed to instantiate plugin Conservation: Failed to fetch MLSS for Conservation_score and mammals</pre>
    <br>
    Thank you.<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>