<div dir="ltr">Hi James, Guillermo,<div><br></div><div>We're struggling to recreate the problem at our end.</div><div><br></div><div>While we do still see the warning message (which will disappear in 74 as Matthieu says), the plugin seems to be working fine.</div>
<div><br></div><div>I've tested it on the example.vcf supplied with the VEP and a larger set of ~3500 exonic variants from the 1000 genomes project, and I see Conservation scores in the output for every variant in my test set.</div>
<div><br></div><div>Are you seeing any other error messages? Are you using a local database copy, or relying on the ensembldb connection (the default when using VEP)?</div><div><br></div><div>Is there any chance you have accidentally checked out head code (instead of branch 73) for the ensembl-compara API?</div>
<div><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">MethodLinkSpeciesSet is not deprecated, although a couple of deprecated methods in it were removed in 73, though these are not used by the plugin.</span><br>
</div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Some more information would be useful!</span></div>
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Thanks</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br>
</span></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Will</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 14 October 2013 15:10, James Walker <span dir="ltr"><<a href="mailto:walker.james.kerrigan@gmail.com" target="_blank">walker.james.kerrigan@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div lang="x-western"><blockquote type="cite"><pre><span style="font-family:arial">I'm experiencing the exact same problem. Plugin seems to be broken.</span><br>

</pre>
    </blockquote><blockquote type="cite"><pre><br></pre><pre><span style="font-family:arial">James.</span></pre></blockquote></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>