<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I had downloaded the standalone version of VEP(v73) and was using it offline. When I tried using --hgvs with --offline I was getting an error: "ERROR: Cannot generate HGVS coordinates in offline mode without a FASTA file (see --fasta)". However I had specified the --fasta option as well. After going through the code it seems the condition(line 954) is checking if $config{fasta_db} is defined or not and throwing this error. In the code $config{fasta_db} is initialized at a later stage, so it throws an error.</div>

<div><br></div><div>I changed $config{fasta_db} to $config{fasta} on line 954(where the condition is checked) in <a href="http://variant_effect_predictor.pl">variant_effect_predictor.pl</a> and it worked.</div><div><br></div>

<div>You guys might want to incorporate/modify this in the code.</div><div><br></div><div><div dir="ltr"><div>--</div>Saurabh Gupta<br><div>Ganit Labs, Bangalore</div></div></div>
</div>