<div dir="ltr">Dear Fiona,<div><br></div><div>Please do let me know if I am wrong.</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div>--</div>Saurabh Gupta<br><div>Ganit Labs, Bangalore</div></div></div>


<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 18, 2013 at 10:12 PM, Fiona Cunningham <span dir="ltr"><<a href="mailto:fiona@ebi.ac.uk" target="_blank">fiona@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Dear Saurabh,<br>
<br>
Many thanks for taking the time to report this to us. We will take a look.<br>
<br>
Best regards,<br>
Fiona<br>
<br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Fiona Cunningham, Ensembl Coordinator, Ensembl Variation Project Leader.<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
European Molecular Biology Laboratory<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton,  CB10 1SD, UK<br>
<a href="http://www.ensembl.org" target="_blank">www.ensembl.org</a> || <a href="http://www.lrg-sequence.org" target="_blank">www.lrg-sequence.org</a> || t: +44 1223 494612<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
On 18 October 2013 07:22, saurabh gupta <<a href="mailto:saurabh@ganitlabs.in">saurabh@ganitlabs.in</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I had downloaded the standalone version of VEP(v73) and was using it<br>
> offline. When I tried using --hgvs with --offline I was getting an error:<br>
> "ERROR: Cannot generate HGVS coordinates in offline mode without a FASTA<br>
> file (see --fasta)". However I had specified the --fasta option as well.<br>
> After going through the code it seems the condition(line 954) is checking if<br>
> $config{fasta_db} is defined or not and throwing this error. In the code<br>
> $config{fasta_db} is initialized at a later stage, so it throws an error.<br>
><br>
> I changed $config{fasta_db} to $config{fasta} on line 954(where the<br>
> condition is checked) in <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> and it worked.<br>
><br>
> You guys might want to incorporate/modify this in the code.<br>
><br>
> --<br>
> Saurabh Gupta<br>
> Ganit Labs, Bangalore<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>