<div dir="ltr">Hi Guillermo,<div><br></div><div>I assume by "wild-type" you mean the most common or major allele?</div><div><br></div><div>The minor allele is listed by the VEP when you use --gmaf, as well as in our Ensembl MySQL databases, along with the allele string (the list of all alleles) so it should be fairly trivial to work out which is the major or wild-type allele from that information.</div>
<div><br></div><div>You will see rare cases where there are more than two alleles in the allele string; in this case you could assume that the first allele in the allele string is the one you want (since we put the reference allele first in this string where we can).</div>
<div><br></div><div>You could do this in a plugin for the VEP, or extract the data from the MySQL table and run a quick script over it.</div><div><br></div><div>In a plugin you'd need to access the $tva->variation_feature->{existing} data structure to see the fields you require.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 5 November 2013 14:18, Guillermo Marco Puche <span dir="ltr"><<a href="mailto:guillermo.marco@sistemasgenomicos.com" target="_blank">guillermo.marco@sistemasgenomicos.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000066">
    Dear devs,<br>
    <br>
    I know at this moment VEP script offers population frecuencies from
    1000 genomes project, which is awesome.<br>
    <br>
    I would like to know if it's possible to retrieve the "wild-type
    allele" from 1000 genomes project for each variation position. As
    you may know variation allele may be biased due to the human
    reference we use (it's very uncommon but it does happen). <br>
    <br>
    I don't know if this information is included in ensembl database or
    is going to be introduceded in near future.<br>
    <br>
    <br>
    Thank you.<br>
    <br>
    Best regards,<br>
    Guillermo.<br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>