<div dir="ltr">Hi,<div>I'm using the REST API (it's great!) to retrieve a few some taxonomical information and I think I found a minor disrepancy:</div><div><br></div><div>When I use the info/species endpoint, I get (among other things) entries for "canis_familiaris" and "Ancestral sequences".  When I try to feed these to <a href="http://beta.rest.ensembl.org/documentation/info/taxonomy_id" style="color:rgb(0,136,204);text-decoration:none;font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px;line-height:20px">taxonomy/id/:id</a>, I get an error (HTTP status code 400).  While I'm not so surprised this happens with "Ancestral sequences", I'd expect the other one to match.</div>
<div><br></div><div>I got it to work by using "canis lupus familiaris" but since I'm doing this for many species, ideally I'd like to have an automatic way of extracting species names.</div><div><br></div>
<div>I noticed that records returned by info/species include an NCBI taxid as one of the aliases and I was trying to take advantage of that, but it turns out it's missing from some species (e.g. duck).</div><div><br></div>
<div>Is there a foolproof way of retrieving *all* species in Ensembl and then fetching taxonomic annotations for them, using the REST API (or a Python library)?</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Greg</div><br clear="all">
<div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Greg Slodkowicz<br>PhD student, Nick Goldman group<br>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br></div></div>