<div dir="ltr">Obviously you could make that conditional too:<div><br></div><div>$DB::single = 1 if $test_seq == undef;</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 13 November 2013 10:53, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div>You can insert the line:</div><div><br></div><div>$DB::single = 1;</div><div>
<br></div><div>before the line you wish to break at in the code, and the debugger will stop there.</div>
<div><br></div><div>Cheers</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Will</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 13 November 2013 10:13, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.com" target="_blank">Duarte.Molha@ogt.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Sarah<br>
<br>
I am having some difficulty pinpointing what line is causing the error since not all variations cause the error so  breaking at every single pass on that line is time consuming<br>
Can you let me know of the best way of debugging the script in order to find that out?<br>
<br>
Basically I want to run VEP and break the script at line 1220<br>
<br>
/ensembl_API_folder/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm<br>
<br>
Where $test_seq is undefined<br>
<br>
I tried running VEP in debug mode and do :<br>
<br>
b /ensembl_API_folder/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm:1220 $test_seq == undef<br>
<br>
Is this the way you would debug it?<br>
Thanks for the help.<br>
<span><font color="#888888"><br>
Duarte<br>
</font></span><div><div><br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a>] On Behalf Of Sarah Hunt<br>
Sent: 11 November 2013 16:27<br>
To: Ensembl developers list<br>
Subject: Re: [ensembl-dev] Error msg in VEP using HGVS option<br>
<br>
Hi Duarte,<br>
<br>
A FASTA file is not a requirement for HGVS. Could you supply an example of a variant triggering this error message?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Sarah<br>
<br>
On Mon, Nov 11, 2013 at 3:57 PM, Duarte Molha <<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.com" target="_blank">Duarte.Molha@ogt.com</a>> wrote:<br>
> Dear Developers<br>
><br>
><br>
><br>
> On the documentation, you indicate that you can use the option HGVS<br>
> but that it will need a valid connection to the database.<br>
><br>
> However when I try to use it I get this error message:<br>
><br>
><br>
><br>
> substr outside of string at<br>
> /NGS_Tools/ensembl-latest/ensembl-variation/modules//Bio/EnsEMBL/Varia<br>
> tion/TranscriptVariationAllele.pm<br>
> line 1218.<br>
><br>
> Use of uninitialized value $test_seq in string eq at<br>
> /NGS_Tools/ensembl-latest/ensembl-variation/modules//Bio/EnsEMBL/Varia<br>
> tion/TranscriptVariationAllele.pm<br>
> line 1220.<br>
><br>
><br>
><br>
> If I supply a fasta file then I do not get this error. Is the FASTA<br>
> file always required for HGVS? From the documentation I got the<br>
> understanding that the fasta file was only required if operating in offline mode.<br>
><br>
><br>
><br>
> Best regards<br>
><br>
><br>
><br>
> Duarte Molha<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>