<div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div>It has been fixed in the code, I'm just waiting on it getting pushed to the live site.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 9 December 2013 21:42, Denise Carvalho-Silva <span dir="ltr"><<a href="mailto:denise@ebi.ac.uk" target="_blank">denise@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Duarte,<br>
<br>
Thanks for bringing this to our attention and sorry for the late reply.<br>
<br>
We will fix this as soon as possible to have the correct name for the<br>
human assembly.<br>
<br>
Kind regards,<br>
Denise<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Hi Guys<br>
><br>
> Anyone seen this report? I am sure it is not very important but it is<br>
> bound<br>
> to cause issues for some users.<br>
><br>
> Best regards<br>
><br>
> Duarte<br>
><br>
><br>
> =========================<br>
>      Duarte Miguel Paulo Molha<br>
>          <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a><br>
> =========================<br>
><br>
><br>
> On Fri, Dec 6, 2013 at 1:41 PM, Duarte Molha <<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.com">Duarte.Molha@ogt.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Dear developers<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> I found a typo in the documentation of VEP at:<br>
>> <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.html#pre" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_cache.html#pre</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> wget<br>
>> <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-74/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh27.74.dna.primary_assembly.fa.gz" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-74/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh27.74.dna.primary_assembly.fa.gz</a><br>

>><br>
>> gzip -d Homo_sapiens.GRCh27.74.dna.primary_assembly.fa.gz<br>
>><br>
>> perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> -i input.vcf --offline --hgvs --fasta<br>
>> Homo_sapiens.GRCh27.74.dna.primary_assembly.fa<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> I believe the fasta file should be :<br>
>> Homo_sapiens.GRCh37.74.dna.primary_assembly.fa.gz<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Best regards<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Duarte Molha<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>><br>
>><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Denise Carvalho-Silva, PhD<br>
Ensembl Outreach Officer<br>
EMBL-EBI<br>
Hinxton Cambs UK<br>
CB10 1SD<br>
<a href="http://www.ensembl.org" target="_blank">www.ensembl.org</a> | <a href="http://www.ensemblgenomes.org" target="_blank">www.ensemblgenomes.org</a><br>
<a href="http://uk.linkedin.com/in/denisecs/" target="_blank">uk.linkedin.com/in/denisecs/</a><br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
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Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>