<div dir="ltr">Hi Mathias,<div><br></div><div>The error is occurring because there's something odd about your VCF file, I think.</div><div><br></div><div>The first warning, ($data[4] is uninitialized), happens because the 5th column (the alternate allele, ALT) of your VCF line is not present - this usually means that there are fewer than 5 columns of data on that particular line, or the delimiter between the columns (space or tab) is not present or corrupted somehow.</div>
<div><br></div><div>VEP expects at least the first 5 columns of the VCF (CHR, POS, ID, REF, ALT) to be populated or to have a null "." value - have a check of your VCF file to make sure that it looks OK. The vcftools package has a tool called vcf-validator which you can use to validate the format of VCF files, see <a href="http://vcftools.sourceforge.net/docs.html">http://vcftools.sourceforge.net/docs.html</a></div>
<div><br></div><div>Currently it's not possible to produce HTML (--html) and VCF (--vcf) output - to see the HTML output, remove --vcf from your command line. If you want the VCF output as well, you'd have to do that in a separate VEP run. If you intended to indicate that the input format was VCF, you should use "--format vcf".</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 11 December 2013 11:14, Mathias Lesche <span dir="ltr"><<a href="mailto:mathias.lesche@biotec.tu-dresden.de" target="_blank">mathias.lesche@biotec.tu-dresden.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear VEP developers,<br>
<br>
I have two questions regarding the current VEP script (Version 74).<br>
<br>
I call the script in the following way:<br>
/opt/rocks/bin/perl /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/<a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_<u></u>predictor.pl</a> -i input.vcf -o ouput.vcf --species homo_sapiens --fork 6 --format vcf --cache --dir_cache /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-cache/ --sift p --polyphen p --humdiv --total_length --numbers --protein --canonical --pubmed --gmaf --maf_1kg --maf_esp --vcf --html --offline<br>

<br>
When running the script I get the following warning:<br>
Use of uninitialized value $data[4] in string eq at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 415, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $ref in length at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 448, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $alt in pattern match (m//) at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 451, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $alt in split at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 540, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $alt in pattern match (m//) at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 549, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $ref in concatenation (.) or string at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 621, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $alt in concatenation (.) or string at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 621, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value $data[2] in string eq at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 621, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value in pattern match (m//) at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 2395, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value in substitution (s///) at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 2395, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value in string eq at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 2396, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value in pattern match (m//) at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 2401, <GEN0> line 837.<br>
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at /projects/seq-work/user/all/<u></u>vep/vep-74/Bio/EnsEMBL/<u></u>Variation/Utils/VEP.pm line 2402, <GEN0> line 837.<br>
<br>
But the calculation of the variations finishes. I'm just wondering if it comes from the vcf file or is from the script itself.<br>
<br>
Secondly the output.vcf.html is empty. It doesn't show the variants or any links to Ensembl. Is there a way to fix it? But I use the --html option.<br>
<br>
I have to say I don't run vep on the whole vcf file. It is only a portion of it including the header.<br>
<br>
Regards,<br>
Mathias Lesche<br>
-- <br>
Mathias Lesche, Dipl. Bioinformatician<br>
Deep Sequencing Group - SFB655<br>
c/o DFG-Center for Regenerative Therapies Dresden<br>
Cluster of Excellence / TU Dresden<br>
Fetscherstraße 105<br>
01307 Dresden<br>
<br>
Phone: <a href="tel:%2B49%20%28351%29%20458%2082362" value="+4935145882362" target="_blank">+49 (351) 458 82362</a><br>
Email: mathias.lesche(at)<a href="http://biotec.tu-dresden.de" target="_blank">biotec.tu-<u></u>dresden.de</a><br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>