<div dir="ltr">Hi Duarte,<div><br></div><div>These are not typos; Eclipse warns because VEP is setting a package-specific variable and Eclipse can't see that it is used within the relevant package - it only sees within the current open file. I have the same warnings in my IDE.</div>
<div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Will</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 12 December 2013 09:57, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:duartemolha@gmail.com" target="_blank">duartemolha@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Developers, <div><br></div><div>I believe this is more a question for Will but feel free to educate me if what I am saying makes no sense :-)<div>
<br></div><div>I read and develop my analysis scripts in Eclipse and it seems there are 2 lines on the VEP script that trigger warnings in eclipse:</div>

<div><br></div><div><div>        # copy to Slice for offline sequence fetching</div><div>        $Bio::EnsEMBL::Slice::config = $config;</div><div><br></div><div><br></div><div>and </div><div><br></div><div><div>    # cluck and display executed SQL?</div>


<div>    $Bio::EnsEMBL::DBSQL::StatementHandle::cluck = 1 if defined($config->{cluck});</div></div><div><br></div><div>Warnings:</div><div><br></div><div><div>Name "Bio::EnsEMBL::Slice::config" used only once: possible typo<br>


</div></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">and </span></div><div><br></div><div>Name "Bio::EnsEMBL::DBSQL::StatementHandle::cluck" used only once: possible typo<br></div><div><br></div><div>
<br>

</div><div><span style="white-space:pre-wrap">Are these statements really required if there are not used anywhere else in the script?</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Best regards</span></div>


<div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><span style="white-space:pre-wrap">Duarte</span></div><div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><br></div><div><font style color="#999999">=========================<br>


     Duarte Miguel Paulo Molha      <br></font><div><font style color="#999999">         <a href="http://about.me/duarte" target="_blank">http://about.me/duarte</a>         <br>=========================</font></div>

</div>
</div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>