<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Just a note to say this feature made it into 74, you can now run e.g.:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">perl INSTALL.pl -a acf -s homo_sapiens,mus_musculus</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
to non-interactively install the API and the cache and FASTA files for human and mouse. Add -q to silence the script.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
The string after -a corresponds to whether you want to install the (a) API (c) cache file (f) fasta file.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
Use --help to see all of the options available.</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Regards</div></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Will McLaren</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On 11 September 2013 16:48, Michael Heuer <span dir="ltr"><<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
I would like to have the variation effect predictor (VEP) script<br>
available in the CloudBioLinux distribution<br>
<br>
<a href="http://cloudbiolinux.org" target="_blank">http://cloudbiolinux.org</a><br>
<br>
VEP is currently available as a custom build but we do some mucking<br>
about with the installation script with sed to deal with the<br>
interactivity<br>
<br>
<a href="https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/pull/116" target="_blank">https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/pull/116</a><br>
<br>
Would it be possible for someone from the dev team to weigh in on this issue?<br>
<br>
Thank you,<br>
<br>
   michael<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>