<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I am finding this code very slow. I am using Ensembl VM 74:</div><div><br></div><div><div>$gene_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor( "human", "core", "gene" );</div>
<div><br></div><div>my $genes = $gene_adaptor->fetch_all_by_stable_id_list(["ENSG00000249352","ENSG00000109576"]);</div><div><br></div><div>while ( my $gene = shift @{$genes} ) {</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>my $gstring = feature2string($gene);</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">    </span>print "$gstring\n";</div><div><span class="" style="white-space:pre">      </span>my $transcripts = $gene->get_all_Transcripts();</div><div><span class="" style="white-space:pre"> </span>while ( my $transcript = shift @{$transcripts} ) {</div>
<div><span class="" style="white-space:pre">            </span>my $tstring = feature2string($transcript);</div><div><span class="" style="white-space:pre">         </span>print "\t$tstring\n";</div><div><span class="" style="white-space:pre">    </span>}</div>
<div>}</div></div><div><br></div><div>I suspect the first line is the problem. Any advice on how I can run this faster? especially for a large set of genes?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Genomeo</div>
</div>