<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>This morning it is getting even slower - takes minutes to just run the code for two genes.</div><div><br></div><div>Do you have any advice on how I can run it for 5000 genes within a reasonable time?</div>
<div><br></div><div>G.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 7 January 2014 19:26,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:mr6@ebi.ac.uk" target="_blank">mr6@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Genomeo,<br>
<br>
I don't think there is anything massively wrong with the code you are using.<br>
<br>
Looking at our mysql server, it is currently under heavy load, which would<br>
explain slow response time.<br>
<br>
Please let us know if the problem persists.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Magali<br>
<div><div class="h5"><br>
> Hi all,<br>
><br>
> I am finding this code very slow. I am using Ensembl VM 74:<br>
><br>
> $gene_adaptor = Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor( "human", "core",<br>
> "gene" );<br>
><br>
> my $genes =<br>
> $gene_adaptor->fetch_all_by_stable_id_list(["ENSG00000249352","ENSG00000109576"]);<br>
><br>
> while ( my $gene = shift @{$genes} ) {<br>
> my $gstring = feature2string($gene);<br>
> print "$gstring\n";<br>
> my $transcripts = $gene->get_all_Transcripts();<br>
> while ( my $transcript = shift @{$transcripts} ) {<br>
> my $tstring = feature2string($transcript);<br>
> print "\t$tstring\n";<br>
> }<br>
> }<br>
><br>
> I suspect the first line is the problem. Any advice on how I can run this<br>
> faster? especially for a large set of genes?<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Genomeo<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>